難しい問題だね。

仮にＰＣとＮＰＣの立場を逆転して考えてみた場合――
切れ者だけど腹黒くて扱いにくい副官と、無能だけど善良な艦長のＮＰＣコンビがいて、どうやって副官に動いてもらうかを考える。
んで、無能な艦長を説得することで結果的に副官に動いてもらう、という行動をＰＣが取るのは極自然な流れだと思う。

基本的にはＮＰＣもＰＣと同様に自分の目的を元に思考して動くものなので、ＮＰＣの思考としてはそこまで間違ったことをしている気がしない。