一応転移やリセットを繰り返すと脆弱になりやすいとかは非公式同人誌とかで
話が出たりするけどNCが壊れてないと一言言えばどうとでもなるよ
サヴァントに関して言えばドールとの明確な違いはないはず
しいていえばNCから寵愛を受けているかどうかぐらいだったと思う

ドールの作成制限に関しては
「シナリオの都合上目に見えるわかりやすい変異、改造などはお控え願います」って
予め言っておけば聞いてくれるんじゃない？
それが嫌な人は参加しないだろうし、「こういうのは大丈夫？」って交渉できるかもしれない

戦う動機はなんで旅をさせるところまで一人でやらなかったのか？ってところから理由付けしていくと考えやすいかも？
二人のNCの関係が敵対なのか協力なのかどうか
協力なら上下関係などはあるのか
敵対なら何が理由なのか
辺りから決めていくと自然とある程度方向性は決まってきやすいと思う