合法派の屁理屈、俺様解釈でごちゃごちゃしてきたので整理。

自転車の前照灯に関する法令の規定は以下の通り（一部省略）。

道路交通法第52条第１項
車両等は、夜間、道路にあるときは、政令で定めるところにより、前照灯、車幅灯、尾灯その他の灯火をつけなければならない。

道路交通法施行令第18条
車両等は、法第五十二条第一項前段の規定により、夜間、道路を通行するときは、次の各号に掲げる区分に従い、それぞれ当該各号に定める灯火をつけなければならない。
五　軽車両　公安委員会が定める灯火

東京の場合
東京都道路交通規則第9条
令第18条第1項第5号の規定により軽車両がつけなければならない灯火は、次に掲げるものとする。
(1)　白色又は淡黄色で、夜間、前方10メートルの距離にある交通上の障害物を確認することができる光度を有する前照灯

法令規則上、自転車には、前照灯の点滅を禁止する規定はない。
したがって、「点滅」ということだけで違反にはならない。
しかし、「前照灯」である以上、そこには必然的な制約がある。
「点滅禁止の規定がないから点滅なら何でも合法」とはならない。

夜間、道路を通行するときには、公安委員会規則の要件を満たす色と光度の明かりを点けて前を照らす必要があるということ。明かりが消えていて、前を照らしていなければ、法令規則の前照灯を点けたことにはならない。

そこで、「点滅モード」なるものが、道路交通法第52条による「政令で定めるところにより」とされた灯火と言えるかどうかだ。

「点滅モードでは前を照らしていないときがあり公安委員会規則の要件を満たせない」「点滅モードなるものは政令等に定められていない」
から違法というのが違法派。単純明快。

自転車に適用のない保安基準を持ち出してきたり
政令で点滅について定められた灯火を持ち出してきて「点滅でも点いてる」と屁理屈をこねて、
「点滅合法」と言ってるのが合法派。