キャパオーバーというのは、実際のところそうだろうなとは思います。
でも第1回と比べるとかなり改善はされています。

ある人が「スタートに30分もかかったから、6時間半の制限時間が
実質6時間になった」と怒っていましたが、そもそもこの大会の
参加資格はフルマラソンを6時間以内で走れることです。
仮に30分後にスタートしても、第1関門までは4.4kmで36分も
あります。1kmを8分10秒のペースで間に合うわけです。
次の関門までは3.7kmで27分ありますので、1kmを7分17秒でいいわけです。
さすがにこのペースが厳しいというのは、単なる練習不足かと思います。
関門の時間も公表されているわけですから、きちんとシュミレーション
しておけば、無理に飛ばす必要もなく自分のペースで走れるはずです。

ランナー側がきちんとした準備をして、万全の状態で
スタートラインに立つという意識を持つべきです。
マラソンはスタートラインに立ったときに9割方終わっているのですから。