序、破、Ｑだと「ヱヴァンゲリヲン」
TV版、旧劇場版、シンだと「エヴァンゲリオン」

これをどのように考えればいいのか。

ヱヴァとエヴァの世界は別の世界、と考えるのではなく、
ヱヴァの世界の話とエヴァの世界の話が一本の線でつながる、と考えています。

ヱヴァンゲリヲン序破Ｑの続きであるシンで、
エヴァンゲリオンという表記にわざわざ戻しているということは、
序破Ｑの世界とTV版旧劇場版シンの世界は別の世界、という意味ではなく、
Ｑの続きであるシンでは、TV版旧劇場版とつながる要素が出てくる、
ということを表しているのだと思います。

つまり今までの序破Ｑでは旧作と関連するシーンは全くありませんでしたが、
シンでは旧作と関連した物（たぶんTV版旧劇場版の初号機）が登場すると思います。

それで「新劇場版の世界はTV版旧劇場版とは全く別の世界」、ではなく、
「新劇場版の世界はTV版旧劇場版の世界の続きだったんだ」、
と視聴者にわからせるシーンがシンでは入ってると思います。（猿の惑星的なやつ）