まどかの能力では(直接的にソウルジェムの性質を変えるなど)魔法少女を魔女しないよう改変できなかったから魔法少女が魔女になる前にその魔法少女を円環の理に導く(その魔法少女を消滅される)ことで
間接的に魔法少女が魔女にならない世界(魔女のいない世界)に改変したという前置きがあればトンチンカンにはならないけど、魔法少女が魔女になるのが嫌で、でも魔法少女になること、なった少女を否定することも
嫌だったまどかは、魔法少女が魔女にならない世界への改変でなく、魔女を消し去る存在になることを願って魔法少女になったのはトンチンカンではないだろうか。