ハルオとユウコの体に入った分以外はゴジラによって全滅したナノメタルが
人類と共存したほうが得策と判断したため
2人はナノメタルを自在に制御できるようになり再増殖したナノメタルをまとって巨大化して戦う

という設定でジェットジャガーが巨大化する理屈は解決できるな