試写会見てればわかると思うけど、
人工太陽を波動砲で撃つと、電磁パルス攻撃したみたいにガトランティス艦の動力に異常が生じて、全艦漂流してしまうのよ
電磁パルス攻撃ってのは正確じゃなくて、真田さんがカラクリを説明してたけどよく覚えてないんで例えとして挙げた

あと、ガトランティス人は兵器を生み出せても、文化的に直すという観念がないらしく、修理もせず漂流したままなので、
ヤマトは安心して次の航海に向かえる、という設定だった