コナンの場合、組織との対決というのがバックボーンというか個々の事件とは別にした
大きなストーリーの流れとしてあるから、それを片付けちゃうと連載的にリスクがあるのは確かじゃないの

さとうふみやが金田一の後に探偵学園描いてたけども、目的があっさりし過ぎて長続きしなかったでしょ
最初からそういうコンセプトだったのかもしれんけどさ
作者が何を書きたいか、どうやってモチベを保っていくかというのはそれぞれ違うと思うけども、
コナンにそれが必要なら拘ってるスタイルを崩す必要は無いと思う
ルフィが海賊王になっちゃったら話続けられんのって話よ