二重計上になるのかってこういうことでしょ？

商品が100あるとして2部配って50部売って、残り48部とすると

商品100から期末棚卸高48を計上した後でさらに商品に広告費2を仕訳(二重計上)
商品100から広告費2を引いて商品98にした後で期末棚卸高48を仕訳(OK)

帳簿ソフト使ってたら上みたいな事にはならないと思うので大丈夫じゃないの？