260ですが税務署で確定申告の相談員に聞いてきました。

廃棄・献本で在庫が減った場合。
そのまま減った数で「期末商品棚卸高」を算出すればOK。
新刊も去年既刊も「仕入」で印刷費を経費計上したら
その後は期首・期末商品棚卸高として売上原価の計算にて扱われる。

廃棄して在庫減→「期末商品棚卸高⑧」減→「差引原価⑨」増
→「差引金額⑩」(収入金額④－売上原価⑨)減
→「差引金額⑩」ー「経費計⑱」＝「所得金額(21)」が減る ※従業者控除は略

上記に廃棄損等で「経費」を計上すると二重計上になる。