Lv.1で鍵が余った覚えはないなあ
Lv.3は構造的に入れず終いの部屋が出ないように1つ余るようになってるけど

あとは何か後半のダンジョンで何かすると鍵の個数がおかしくなると聞いた事があるけど詳しく覚えてないや