エラー、SD・本体破壊について
SD破壊が話題になった時点の海外ハッカーのレポートによると

・剣盾は本体のシステムそのものを弄る権限を与えられている
・SD破壊が起きているのは本体のシステムが弄られた事で本体がSDを読み込めなくなっているため
・剣盾の挙動が杜撰すぎて、弄るべきでない本体のシステムを弄っている可能性があるが確定ではない(こんな挙動するソフトに本体弄ってOKという許可を出した任天堂はアホ)

まずこれが前提
この情報と
・ポケモンをプレイ中にエラーを出したことは無いが、別ゲームを起動したら進行不能になった
・スリープで放置したら強制終了→オレンジスクリーン

というTwitterや本スレでのエラー報告を総合すると

剣盾は起動しているだけで本体のシステムを改竄しており、どの部分が書き換えられるかはランダム
よってどのような故障(エラー、フリーズ、音が消える、SD破壊、本体破壊etc)が起きるかは運ゲーであり、起動していればしているほど何かしらのエラーを引く可能性が上がる

という事になる
SD破壊や本体破壊はSSRレベルでそう簡単に引くものでは無い。
が、これまでエラーを起こしたことがない他のゲームでエラーを起こしたという報告から、
目に見える異常がなくてもポケモンを起動した本体を使っていればいつどのゲームでエラーを起こすかもしれない状況になっているのかもしれない。
パケ版DL版共に入れただけでエラー起こすという報告もあるので、起動しなくてもヤバいかもしれない。