不満点
■ストーリー
・人間メインでポケモンそっちのけのシナリオ
　→ソルガレオとルナアーラはリーリエの親子喧嘩を解決するために乗り物として活躍するだけ
　→島の守り神はカプ・コケコ以外出番がまるで無い
　 →UBの描写そっちのけで国際警察の暗部の話ばかりをするハンサム
　 →UBはウツロイドを除きほぼ出番無しで人類の脅威と宣伝した割には実害の描写も無く図鑑の説明に書かれている破壊されたものや土地は作中に示されない
・黒幕の娘リーリエの主役化、主人公のラジコン・背景化
　→リーリエは守るべきポケモンがいるのに｢ポケモンが傷つくのは嫌｣とトレーナーにはならない
　　→そのくせにポケモンをボールに入れなかったり、単独行動をしたりするせいでポケモンや自身をみすみす危険に晒す
　　→尻拭いはほぼ主人公任せ。その割に言いたいことはしっかり言うなど厚かましさが目立つ
　　→その他質問の答えが意にそぐわないと機嫌損ねたり、他のNPCに過剰に褒めそやされたりと不快要素多め
　→シナリオもリーリエの家族喧嘩に巻き込まれただけという、過去最悪の陳腐さ
・伝説のポケモンはリーリエのペットで、｢自分には育てられないから｣と主人公に押し付けられる
　→相変わらずの伝説のポケモン強制捕獲
　→扱いもウルトラスペースに移動するためのタクシー同然で、歴代の伝説のポケモンと比較しても伝説としての威厳の欠片も無い
・EDも30分近くと長過ぎであり、その間セーブ出来ないので飛ばせない

■冒険
・常にリーリエ、ハウ、ククイがつきまとってきて、旅をしているという実感が薄い
・ダンジョンはほぼすべてが1〜3マップ程度のボリュームの無さ
・下画面のロトム行き先まで指示してくるので鬱陶しい
・図鑑を通して音声を出しているだけとは言え、外伝でもないのにポケモンが喋るのに違和感 を覚える
・ロトム図鑑があるのにロトムが、ライドポケモンなのにリザードンがアローラ図鑑には載っていない(即ちリザードンもロトムもアローラ地方には生息していないという設定)
→ロトムはともかくリザードンに関しては設定破綻