スカトールは、天然には、哺乳類の糞（消化管内でトリプトファンから分解される）、ビート、コールタール等から単離され、強い糞臭を持つ。

低濃度では花の香りを呈し、実際にオレンジ、ジャスミンやある種のトロピカルフルーツの花の香気成分に含まれている。

またこの物質は、多くの香水の香料や定着剤、タバコの香料及び添加物[1]として使われている。
スカトールは、ヤギ、ヒツジ、ネズミ等に対して浮腫を引き起こす。

肺の中のシトクロムP450が存在するクララ細胞を特異的にターゲットにしているようである。

シトクロムP450はスカトールを活性中間体である 3-メチレンインドールニンに変換するが、この物質はタンパク質と結合し、細胞を傷つける。

スカトールは、白色結晶状態で存在し、時間が経つと茶色く変色する。

アルコールやベンゼンにはよく溶け、フェリシアン化カリウムや硫酸中では紫色を呈する。