防衛大学校と異なり、防衛医科大学校の本科医学生は卒業時に任官拒否をする者はまずいません。

それはそうでしょう。　
卒業時に任官拒否をすれば約５千万円を国に返還しなければなりません。　
しかも分割返済はできませんで、卒業時一括か半年後との２分割かのどちらかです。　
これでは余程の家庭環境でない限り不可能です。
本科医学生は卒業と同時に要員別に陸海空の曹長に任官し、６週間の幹部候補生学校の課程に進みます。
この６週間の間に卒業直前に受けた医師国家試験の合格発表があり、合格した者は課程修業時に２等陸海空尉となります。
そしてこの 僅か６週間の候補生課程 を終えた彼等は、再び母校である防衛医科大学校に戻り２年間の初任研修 に入ります。　
当然ながら研修医とはいえ、正式な “お医者さん” として。
２年間の初任研修を終えると 自衛隊病院や部隊の衛生隊などでの２年間の勤務 となります。　
ここまで来て初めて何とか自衛隊医官としての独り立ちが始まるわけですが
そしてこの２年間が終わると、今度は各科の専門医となるために 再び防衛医科大学校に戻り専門研修医として２年間勤務 します。
その後は専門医として自衛隊病院などの勤務に就きますが、専門研修を終われば研究科 （一般医大・医学部の大学院に相当） の受験資格ができます。
採用試験に合格すると ４年間の研究科 に入り （うち３年目の１年間は好きなところへ海外留学が可） 博士号取得を目指します。　
論文は学位授与機構によって審査されますが、まず総員学位が授与されます。
そしてこの 研究科の間に卒業後の義務年限 （＝学費返還） の９年が過ぎる ことになり、あとはペナルティーなしに制服を脱ぐことができます。　
しかも、この９年の間に医官として実際に現場で勤務したのは “たった４年間” だけで。
したがって、研究科を終えて医学博士になった途端に （研究科に進まなかった残りの者は９年の義務年限終了と同時に） どっと退職することになります。
そしてそれに輪をかけるように、防衛医大の教授陣自らによって若い頃から目を付けていた卒業生に積極的に再就職の世話 （＝引き抜き） をすることになります。
研究科終了後もまだ自衛隊医官として残るのは、極端な話し言い方は悪いですが、余程自衛隊が気に入った変わり者、ということになります。　
通常、この時点でまだ自衛隊に残るのは各クラスの１〜２割程度です。

研究科終了後もまだ自衛隊医官として残るのは、極端な話し言い方は悪いですが、余程自衛隊が気に入った変わり者
の多くは航空自衛隊の航空医官、海上自衛隊の潜水医官に進んだり、
一部は陸上自衛隊でレンジャーとか空挺資格持っていたりするらしい。
変わり者の多くは身体能力はあるよ

だけど自治医科大学は臨床医研修は各都道府県指定病院で。
専門医研修も多くは各都道府県地域中核病院で。
ただし一部の者は自治医科大学や自治医大埼玉医療センターで。

残りの５年間は必ず僻地診療所で勤務
医学博士は義務年限終了してから

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