防衛医科大学校の徒歩訓練では一人ひとりの動作と小隊長以下の指揮法について修得する。
体育一般では、自衛隊体操や体力検定種目（3,000m走、懸垂、送付とボール投げ、走り幅飛びなど）を実施する。
看護科（自衛官コース）の女子学生も行いますので医学科の学生も当然、やらされる。
1年では陸・海・空自衛隊部隊実習、2年では射撃・空挺団実習、水泳訓練、冬季定期訓練（スキー訓練）がある。
1年〜3年では陸・海・空各自衛隊観閲式参加。
陸上自衛隊朝霞駐屯地で行う観閲式の時は防衛医科大学校の学生といえども行進する前、1時間近く立ちっぱなし。

防衛医科大学校では１年から６年まで体育・訓練だけで合計507単位取得しないと卒業できない。

入校して一週間程は毎日制服等のアイロンがけやベッドメイクで時間に追われる生活に戸惑うが、仲間が困っていたら助け、自分が困ったら助けてもらい、全員で達成を目指すのが防衛医科大学校の特徴。
部隊実習もあり、自動小銃の射撃訓練もある。

空挺降下やレンジャー課程を修了した猛者も過去の卒業生にはいる。

航空医学や潜水医学などは自衛隊の医官しか日本では研究していない。
航空機に搭乗しているときに生じるＧや気圧変化や潜水中に加わる水圧による特有の疾病・障害についての研究・臨床がそうである。
戦場や災害地でさまざまな外傷や疾病についての研究も日本では防衛医科大出身者が多く研究している。
自衛隊の医官は医官の活動場所は、周囲から十分な支援を受けることができない可能性も高いことから内科も外科も一通りの治療行為ができなければならない。
自衛隊の医官は国際緊急援助隊のメンバーに指定されることが非常に多い。

防衛医科大学校は『研究や臨床の世界最先端を目指す専門医』を志す人には勧められないが、『国際貢献』、『地域医療』、『総合臨床医』、『自衛隊での勤務』、『潜水医学や航空医学など特殊な分野』、などに興味のある人には絶好の学校。

ただし、自衛隊で上級幹部になるためには幹部学校指揮幕僚課程（陸上：ＣＧＳ　海上・航空：ＣＳ）に入校すしなければならないが、医官はポストの関係で入校するのが難しい。
一佐以上に昇進する人は、各年５名前後で、ほとんどの医官は二佐で定年時に一佐としてキャリアを終了する。

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