防衛医科大学の場合

（１）医師国家試験に合格、卒業。卒業後、陸・海・空曹長に任官
（２）幹部候補生学校（6週間）　（防衛大の場合は半年。一般大は1年だが医官は6週間に短縮）卒業後、2等陸・海・空尉に昇任
（３）初任実務研修（2年）　防衛医科大学校病院及び自衛隊中央病院で医師法に基づく臨床研修
（４）部隊勤務（2年）、駐屯地において隊員の健康診断、自衛官採用時の身体検査業務などを実施するが、この2年間の多くを幹部自衛官としての教育実習に当てられる。
陸上自衛隊は衛生学校、海上自衛隊は横須賀病院、航空自衛隊は岐阜病院と航空医学実験隊で陸・海・空別の専門教育もこの部隊勤務の2年間の中で受ける。
（５）専門研修（2年間/研修科目によっては最大4年）専門分野（内科学・外科学など）の研修科目を防衛医科大学校病院で受ける。研修終了後、認定（専門）医の資格を取得。
（６）部隊勤務（1年）：部隊など隊員の診療にあたる
（７）防衛医科大学校の医学研究科または海外に留学（4年間）：修了後、医学博士を取得。

ここでやっと防衛医官として一人前になるが、卒業してから、11年を経ているので9年間の義務期間を終了することになる。
ここで自衛隊を除隊する者が多い。
ここから先、自衛隊に残るものが真の防衛医官。
自治医科大学の場合
（１）臨床研修（2年間）：採用都道府県が用意している卒後臨床プログラムに従う。
東京都の場合、都立広尾病院で内科系を６ヶ月、総合救急診療科を３ヶ月、必須科目である麻酔科を２ヶ月、外科を２ヶ月、小児科を 1.5 ヶ月、産婦人科を 1.5 ヶ月、地域医療を１ヶ月または島しょ地域での研修を１ヶ月ローテーションする。残り７ヶ月は希望診療科。
（２）僻地診療所勤務（3年間）：採用都道府県指定の僻地診療所に勤務する。（ただし、近くの病院に指導医がいる）
（３）後期研修（2年間）：臨床研修指定病院（地域中核病院）や自治医科大学附属病院で専門医研修
（４）僻地診療所勤務（2年間）：採用都道府県指定の僻地診療所に勤務する。

ここで9年間の義務が終了する。
防衛医科大の方が医学博士は取りやすい。
専門医は自治医科大、防衛医科大どちらも取得できる。

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