それでギーガー達が激怒しアンドロイドのウォルター武装した護衛部隊が信号のおびただしい数のエンジニア
の死体が散乱する地帯を抜け、自身の研究施設に調査隊を案内する。
グループからはぐれた調査隊の一人がネオ毛布に襲われ死亡する。その際隊長のオシムは
デイヴィッドがネオ毛布を飼い慣らしている様子を目撃する。デイヴィッドはオラムをフェイスハガーの
卵が培養されている部屋に連れていき、そこで彼はエイリアンの宿主とされてしまう。オラムの体内から
エイリアン（プロト毛布）が誕生する。研究施設内を調査する科学者ダニエルズ達は、デイヴィッドが
行ってきた実験の真相を突き止める。デイヴィッドは惑星の住人エンジニアを黒い液体を利用し殲滅させ
その後も遺伝子操作を繰り返し様々な生物を創造していた。
彼とともにこの惑星に生きてたどり着いた唯一の人間であるエリザベスを宿主として、デイヴィッドは
エイリアンの種族を創り出した。デイヴィッドは信号を発信して、更なる実験対象となる生身の人間が
この惑星に訪れるのを待っていたのであった。救助にために惑星に降下してきたコヴェナントだったが
成人サイズに成長したモーフが現れ複数の隊員が犠牲となる。ウォルターはデイヴィッドと対峙する。
ウォルター、ダニエルズ、護衛部隊隊長のロペはコヴェナントに搭乗し惑星を脱出するが、ロペの体内には
プロトモーフの幼体が宿っている。ロペからプロトモーフの幼体が誕生し、コヴェナント船内に姿を消す。
パイロットのテネシー、ダニエルズ、ウォルターは協力してプロトモーフを誘い出し隔壁を開いて
宇宙空間に放り出す。ダニエルズ、テネシーは当初の計画を続行するため、最終目的地となる惑星を
目指して冷凍休眠に戻る。休眠カプセルに入ったダニエルズは亡くした夫ブランソンについて話すが
ウォルターは彼の名前を認識できないダニエルズはその時、ウォルターのプログラムがデイヴィッドに
より書き換えられていることに気付くが、彼女はそのまま休眠についてしまう。ウォルターは二千人の
入植者が休眠している室内に入り込み自らの体内からハガーの卵を２つ取り出し放置するのではないか？