マジおわってんな〜
DBサーバのストレージディスクI/Oとか一番致命的なところがボトルネックになってんじゃねーのかこれは
メモリやCPUなら物理サーバ増やすだけでいいからな
まあ、それはそれでゼニもかかるし場所も必要になるからやってない可能性があるけど