聖闘士の総本山聖域…。

かつては宇宙平和のリーダー的存在だった聖域も、双子座のサガの恐ろしい発明により、絶滅の危機にさらされた。
アテナの化身である城戸沙織は、サガを宇宙ステーションに永久追放したのだが……。

5年後、宇宙ステーションの不穏な動きをキャッチした城戸沙織は、
その調査を鳳凰星座の一輝率いる、一角獣星座の邪武、狼星座の那智、海ヘビ星座の市の4人組に依頼する。
宇宙ステーションに到着した一輝達だったが、邪武の裏切りにより、一輝と那智と市はサガの罠に落ちてしまう。
命からがら脱出した那智と市は、聖域に戻り、一輝の弟、アンドロメダ星座の瞬に兄の最期を告げた。

さらに、それから数年後。
サガは着々と侵略を続け、その魔の手は聖域まで届こうとしていた。
しかし、城戸沙織には最後の切り札があった。
それは、天馬星座の星矢率いる新生アテナの聖闘士だ！

沙織「お待ちしておりました。聖域を救えるのは、あなた達だけです。お願いします。」
星矢「この仕事、引き受けるよ。サガの好きにはさせないぜ！」