まあ…俺がGMならパーティ分断させて燃料PCだけ戦闘させないな
燃料PCには序盤中盤で調査や交渉に徹してもらって
肝心の戦闘シーンでは分断された燃料PCが駆けつけてる間に戦闘終了…でいいんじゃね？

またはショッカー戦闘員的な敵を大量に用意して燃料PCにはそれの露払いに徹してもらって
他のPC達に普通にボスと戦ってもらうとか
これなら卓に波風立たずにシナリオを完遂できる