ストーリー

佐藤刑事と高木刑事は、都内で強盗犯とカーチェイスを繰り広げていた。佐藤は巧みなドライビングテクニックで強盗犯の車を追い詰め、横転させる。そのまま逮捕
されることになった強盗犯は、「神海島」と「ジョリー・ロジャー」という意味深な言葉をつぶやき、意識を失った。

翌日、バカンスで神海島を訪れたコナン一行は、財宝探しに集まったトレジャーハンター一味と出会う。神海島は、海底の古代遺跡・海底宮殿が発見され有名になっ
た島である。また、300年前に2人の女海賊アン・ボニーとメアリ・リードが遺したという財宝伝説も語り継がれている。興味を持ったコナンたちは島の観光課が企
画した宝探し、蘭と園子はダイビングとそれぞれバカンスを満喫する。

そんな中、トレジャーハンターの1人が、海底宮殿を探索中にサメの群れに襲われ死亡した。当初は不幸な事故と思われたが、ダイビングスーツに残っていた痕跡か
ら、コナンはこの事件が殺人だと推理する。さらに、東京からはるばるやってきた目暮警部の話から、トレジャーハンター達が昨日都内で起きた強盗事件の犯人とつ
ながっていることが明らかになる。

その日の夜、島の観光館にトレジャーハンター達が泥棒に入り、逃走中に何者かからライフルで狙撃されるという事件が起こった。さらに翌日、蘭と園子がトレジャ
ーハンターたちに連れ去られてしまう。蘭たちを助けるために1人、コナンは海底神殿に向かう。トレジャーハンターの正体や彼らを狙う犯人とその目的、2人の女海
賊が残した財宝の謎など、複雑に絡み合う謎に、コナンが挑む。