れとちゃんねるは、上の３つの禁止事項を全て破ってしまったから警告が来たんだと思う
音楽だけ流してる弱小チャンネルの動画は１つしか破ってないから目溢しされてるのかも

あと、れとちゃんねるは動画内でエミュレーターを使っていることを公言してたと思うので
正規にゲームを入手しているのか怪しまれ、権利者の琴線に触れて警告が来たのかも

もし、ProjectEGG版で遊んでいたり、実機でプレイしていたならば、
違法性が無いと判断されて、お目溢しされた可能性があったかもね