ただしいモジュールの分け方をしていれば、

処理の、[START] → から → [END] までほぼ一本道。

つまり、Aの処理しか行わない道になるから、
この道を修正しても、BやCに影響ないことは明らかになる。

真逆ののモジュールの分け方をすると

             ┌───┬───┐
[START] ─┬───┴┬──┴──┬┴───[END]
.       └────┴─────┘

この中から正しいAの道はどれかな?みたいなことをするハメになる。
どれが共通の部分で、どれがAのコードかわからないから、
しだいに共通らしき道に「if A then」が増えていき、
すべての処理がごちゃごちゃ混ざりまくる。