769じゃないけど、自分的にSKR mini E3でV2.0のほうが良くなってると思える点。価格差も考慮して最終的にV2.0を買った。

4層基板。それ以前が4層でなかった（両面基板てこと？）だったことがむしろ驚き。
ノイズマージンや放熱を考えたら4層のほうが明確に上。（どこまで活かせるかは設計にもよるけどね）

EEPROM外付け。Flashの書き換え回数の保証値（数万回）よりEEPROM（100万回）のほうがずっと上なので、
EEPROMのデータはFlashの外に保存したほうが安心。（自分の使用頻度だと無用な心配だけど、気持ちの上で）

ヒードベッドMOSFETの放熱向上。MOSFETが焼けるという例があったみたいだから、その対策？

他は、CPUは一緒だし、静音もきっと変わらないし、Zコネクタも分岐させればいいし、
センサーレスホーミングはBLTouchあるからいらないし、で、選択基準ではなかった。
v1かv2かは価格差と機能の差をどう捉えるのかでしょうね。