あれはなんと言うか、偶然ゲームの仕様の穴を付いて作れた感じです。
元々はデギンの憂鬱を再現したかったのですが、それに失敗して色々試行錯誤した結果の産物であります。
(一応デギンの憂鬱については、ロダを漁れば不完全な試作品があったりします。)

まず大前提として、本来そのシナリオに登場しない敵勢力については、攻略作戦が提案されません。
作戦に頼らずとも侵攻可能フラグを直接弄ることはできますが、この場合本拠地を制圧してもその勢力は滅亡しません。

また本来1部に登場する敵勢力を2部以降に出現させても、同様の結果になります。
逆に本来登場する勢力を抹消しても、その勢力の本拠地だった拠点を制圧すると、滅亡イベントが発生してしまいます。
そして2部への移行があるシナリオの場合、移行するタイミングで敵勢力の組み合わせが本来のものと異なるとフリーズします。
(このためデギンの憂鬱はお蔵入りになりました。)
(>>59でご指摘がありましたが、公国の落日のクリア時のフリーズも仕様で、回避は不可能です。)

レビルの決断については、本来のシナリオ上同じタイミングで発生する二者択一の勢力を、同時に出現させただけのため、イベント進行上で大きな問題が発生しませんでした。
(一応、連邦分家勢力が片方残っていても、シャアを先に倒せばエンディングにはなるのですが……。)

つまるところ、基本的には本来そのシナリオに登場する勢力以外を追加しても、滅亡させることは出来ないということです。
やるとするならシャア・アズナブルの帰還の様に、滅亡させられない第3勢力を追加するくらいです。
なおこの場合、第3勢力に拠点がひとつも無くなるとフリーズします。
そのためこれらのデータでは、内部データ上存在が残っているラビアンローズを敵の本拠地とすることで、第3勢力の拠点が無くならない様に対策しています。
(プレイヤーは移動不可能ですが、PCはラビアンローズに移動可能であるため、PC同士は不可侵となる本拠地に指定しなければ結局フリーズします。)

例外として逆襲のキャスバルがありますが、あれは本来シナリオ上で出現しないネオジオン(キャスバル)の攻略作戦のフラグが、系譜のまま残されていた事を利用しています。
実際にテストをした訳ではありませんが、シナリオ中敵としては登場しないティターンズ(シロッコ)の攻略フラグも残ってはいる様なので、その辺は上手くすれば利用可能……かもしれません。