> が、ちゃんとリファクタリングとそれ以外は明確に別れる必要もある。

どういう意味で言ってるのか知らんが、これを読めばわかると思う

Martin Fowler氏によるリファクタリングのワークフロー
https://www.infoq.com/jp/news/2014/03/fowler-workflows-refactoring

> 機能を追加するとき
> バグを修正するとき
> コードレビューと共に
> Fowler氏は「二つの帽子」の比喩を引きあわせて、プログラミングのタスクをこなす際の、
> 新しい機能の追加（ファンクションの帽子をかぶること）と、
> コードの品質向上（リファクタリングの帽子をかぶること）について説明している。
> そして、「プログラミング中は、頻繁に、ことによると数分毎に2つの帽子を
> 取り替えることになるだろう。しかし、一度にかぶれる帽子はどちらか1つだけだ。」と彼は述べている。

一つのタスクの中でこれらは混ざるが、同時に二つを行うことはない。
その意味で明確に分かれるといってるのならそれはそのとおり

もう少し具体的に言えば、ある機能実装のブランチがあって
そのブランチの中でこれらは混ざることはあるが、コミットは別れている