UFF3のパレットを調べるとウィンドウカラーは「00 0C 30」なのでそれでサーチをかけてみる
複数ヒットするので原作FF3とシンクロスクロールさせて絞り込み（原作FF3は「00 01 30」）

■バトルウィンドウ
5CF01～
原版：00 01 30
UFF3：00 0C 30

■メニュー/メッセージウィンドウ
7E1D9～
原版：00 01 30
UFF3：00 0C 30

メニュー画面のHP値のところは別パレットになってるのでこれも同様に調査して改変（文字色はお好みで）
7E1CD～
原版：00 01 2A
UFF3：00 0C 2C

もしかしたら他にも変えなきゃいけないとこあるかもしれないけどとりあえず思いつくのはここくらい
軽く試してみたけど3Cはこれでいけた
exは未確認
わかりづらかったら言ってください