MDもフォントを弄る程度ならYYエディタでなんとかなんじゃね？
とりあえずグラフィックデータが非圧縮という条件があるがな・・・

FCはPRG+CHRの２つのROMが搭載されているが（例外あり）MDは１つのROMっぽい。
CHRをPRGの隙間に配置しているなら難易度はかなり高くなってしまうな、
配置している場所によっては非圧縮でもYYエディタで見られなくなるからだ。

１箇所にまとまってるなら作戦はあるが、２箇所以上に分散されているならマンドクサイ事この上ない。
とりあえずYYエディタにぶち込んでグラフィックが表示されなかったらアキラメロン。

・・・とMDを１つも弄った事の無い素人が呟いてみた。