勲章券連動は自動精算ではない勲章券に適用するもので
5000枚で勲章券などと併用する

スタミナ後払いと、中途半端な枚数に対応できるのが特徴で
7200枚を8000枚として精算したい場合は
スキルの+300勲章券連動を使って+500券併用で8000枚にする

これがスキル自動精算だと7200枚を8000枚にできない
やればわかるけど+500券を併用できないので
EXのような中途半端な枚数に対応するには勲章券連動のほうが良い場合がある

以上、長いから読まなくていいよ(´・ω・｀)