バージョンによって多少違いがあったかも知れないけど、
無視するをクリックするとホーム画面に表示される「プログラムを更新出来ますよ」的なメッセージとか、
右上のベルマーク通知内の「更新出来ますよ」的なメッセージが消えてくれる。
だから無視するクリックでおｋ。
無視するクリックしても、更新したくなったら設定の更新のところとかから普通にプログラム更新は出来る。