そもそもの点で「悪さをしてるのはソフトなのか」というのも気になる
GBC実機、アドバンス系のどれか、GBプレーヤー、互換機などのどれでやってるのか
どの環境で試しても同じなのか、とかね

色々買って色々弄ってきたけど
ソフトがいかなる不思議な動作をしても、その原因はわりと単純なことである率が高いからね