2002年にはそれまでの大塚公平に代わり樋口茂が編集長に就任。1990年代のチャンピオンを支えてきた長期連載が軒並み終了していったが、
それに代わる人気作が産まれなかったために誌面が不安定な状態となり部数も大きく落ち込んだ。

ストーリー漫画、スポーツ漫画共に短命に終わる作品が乱発され『アクメツ』（田畑由秋・余湖裕輝）・『いっぽん!』（佐藤タカヒロ）など2 - 3年の連載が続くのが良い方という状態に陥った。
また、2003年から2005年までは萌え系漫画が減少し再び不良漫画が増加したが、『番長連合』（阿部秀司）や『ナンバMG5』（小沢としお）以外は軒並み低調に終わった。
それと前後して誌面におけるメディアミックス系コミカライズ作品も掲載されていたが、『カオシックルーン』（山本賢治）[9]、や『舞-HiME』（矢立肇・キムラノボル・佐藤健悦）など）のコミカライズなどを例外として、どれも低調であった。