博士が作ってたのはタイムマシンじゃなくて妄想実現機とかだったりしないかなぁ
博士AIの妄想によりマジで古代（未来）に飛んでそこでパラドックスポケモンを作るorタイムマシンの力で勝手に製造される
エリアゼロは時空が狂ってて調査隊が来た時代にパラポケ出現
本の著者が記憶なくしてる間に話してた何者かの正体は博士AI