海底洞窟で深い眠りについたカイオーガが藍色の珠で原始回帰した本来の姿。海の頂点に君臨する海の王。
【ゲンシカイオーガ】
『高さ 9.8m』
『長さ 推定15m以上』
『重さ 430.0kg』
『専用特性 始まりの海（霧無効・砂嵐無効・霰無効・日照り無効・終わりの大地無効/炎技完全無効）』
『専用技 根源の波動（威力:110/命中:85/特性の効果で威力増大）』
【伝説の設定上の階級】
ゲンシカイオーガ＞メガミュウツー＞ＢＷキュレム≧パルキア＞レシラム＞ホウオウ
【ＶＳ】
カイオーガ対全てのミラボレアス＆アルバトリオン＆グラン・ミラオス→カイオーガ圧勝、ハイドロポンプその他諸々勝ち。
カイオーガ対戦艦→カイオーガ勝利、特性とあわせて波乗り・ハイドロポンプ・雷勝ち。
ゲンシカイオーガ対全てのゴジラ→ゲンシカイオーガ勝利、始まりの海からの根源の波動・絶対零度勝ち。
ゲンシカイオーガ対ゲンシグラードン→ゲンシカイオーガ勝利、始まりの海上書き勝ち、水技ｏｒ絶対零度勝ち。
【その他】
カイオーガ対ルギア→カイオーガ圧勝。
カイオーガ対パルキア→カイオーガ勝利、絶対零度勝ち。
