確かにモーラ単位にするのは理想ではあるね。
ただ、今よりハードル上げると、配列マニアしかついてこないような。

あとは、気休め慰め的な説明だけど、少打鍵でもOUは位置が不利とおもう。

つまり、ご指摘の「ゃ」は親指シフトでも比較的打ちにくい位置にある例じゃないかな。
「ょ」「っ」「ゅ」はホームポジションのままで打てる。
だから、これらが含まれる組み合わせ、例えば
「きょ」「しゅ」(右手のみ、左手のみ)とか、
「しょ」「きゅ」(左右1打ずつ)は、
ご指摘の「きゃ」より多分の頻出の組み合わせだし、それがモーラ単位じゃなくても
打ちにくは感じないでしょ?