自分は親指シフトにして増えたミスは、「ポ」と「ボ」のように、半濁点／濁点の入れ替わりとか、「か」と「が」みたいな濁点。

これはエラー検知の一種だろうけど、すこし趣が違う。打つ段階と画面表示確認の段階の両方で見付けにくいからね。
つまり、ローマ字打ちする運指だと、pとｂは全然違うから、打つ段階で間違えようがない。
でも親指シフト、特にニコラだと、ピとビは左右全然違うけど、ポとボは１段違うだけ。ブとプも以外に間違えやすい。

画面表示は、フォントを見分けやすいモノにするか、すごく大きく表示すれば間違えにくいけどさ。