じゃあコントローラはひとまず大丈夫で問題はデスクトップの方になるのかー
デバイスマネージャ開いて一回コントローラーのデバイス削除してコントローラ再接続してドライバ入れ直すとかしたら直るかも？

あとorajaのは試してないし適当ぶっこいてるだけだけど、beatoraja/player/player1/config.jsonのファイルの中の"mode7": {にある
"controller": [
{
"name": "PS3Controller",
"keys": [ 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 17, 16 ],
の keys の　[ 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 17, 16 ], ってところを違う順番で書いてみるとかしたら入れ替えられるのかも・・・？