先日のGMキャラで3次スキルが取得できない件ですが、解決したので記載しておきます。
auriga-master/conf/battle_auriga内のgm_all_equipment: を1→0に書き換えると使えるようになりました。
直接書き換える場合は
auriga-master/src/map/battele.c中の8802行目のgm_all_skillに対応する数字を0に書き換えても行けるようです