たしかに東・西選出と三枠目選出では雲泥の差がありそう。
スポニチ記事によると選出方法は以下のとおり。
    ↓
『東日本と西日本で、まず1校ずつを選出し、3校目を東西の次点校から審議する』

つまり東西各地区で次点に入らないと3校目で選出される可能性は限りなく低く
なるということかな。
東西の選出だが、過去の新聞報道だとまず2〜3校が一次選出され、最終的に
多数決で決まる。
従って3校目としてリストアップされるのは、東西の選出で敗れた各1校と一次選出
で選出されたものの、最終決戦に至らなかった高校。
独断で個別校名を当てはめるとこんな感じかな?
【東】 第一次選出 ⇒ 釧路湖陵・古川(いずれも地区ベスト4、地域の伝統名門校)・金津(地区大会進出かつ累積有り)
             ⇒ 決戦投票で古川。釧路湖陵と金津は3枠決戦へ
【西】 第一次選出 ⇒ "事前に富岡西は一般枠選出との根回しができている旨主催者側委員あたりから内々の説明があったのち"
                熊本西(地区ベスト8と西で最高戦績)・八尾(激戦地ながらベスト16。かつて好成績を挙げたレジェンド等)
             ⇒ 決戦投票で熊本西。八尾は3枠決戦へ
【3枠】         ⇒ 釧路湖陵、金津、八尾で決戦・・。いきなり多数決とはしない。
                しかし昨年の膳所のように、八尾は戦績面で釧路湖陵と金津には劣後するため大激論となる。つまり9校
               のプレゼンテーションの内容精査やら、北海道3枠やらの踏み込んだ議論となり、それでも纏まらない場合
               は多数決で決定。
               個人的には釧路湖陵と読む。