ナカノ邸に行けというところまでクエストは進めたのですが、
見えない壁があって進めませんでした

一応セーブデータを全部消してニューゲームからやり直したのですが、modを入れてると
ヌカワールドにも行けないんでしょうか？

メインクエストのdrアマリに会いに行くクエストも発生しなくなってしまったので