>>421ですが2週目のデータ(ディオン、オレリー、レンの推薦状回収済、キルシェの推薦状イベント進行中)
をセーブしてからExtra開いて1週目のデータ開いたところ「ごめんねケモノさん」のクエスト3種復活しました
条件的には2週目以降のセーブデータがある状態でExtraを開くとクエスト再発生バグが発生するみたいです

余談ですがこのバグ発生後に絆の証発想イベントを発生させると絆の証を発想しない模様