薄型なのでHDDは知らない、あんまり検証してないので推測が入るが
起動elfと同位置のcnfを先にチェックしてなければデフォルト設定をMC0に作成してるので
メモカで保存した設定のcnfを起動elfと同じフォルダに移動させて起動すればUSBメモリはいけた
要はFCEUMMフォルダに全てまとめてしまえばいい