もしかして？と思い、朝からPSPに導入しているプラグイン群をdisabledをして探っていたら、設定保存できない原因のプラグインを特定できました！
Cushome Homeこいつです！
Cushome HomeをdisabledしたらRinの画面サイズを再起動してもサイズ変更維持できていました。他の設定も変更保存できています。

使いやすくなってとても嬉しいです。
アドバイスしてくださった方々、ありがとうございました。親切して頂いて嬉しかったです！