Load Contentsから辿るromファイルを日本語名にしておけば表示出来るでしょ。
ちなみにこちらから実行ゲームの指定する場合は、cue/bin双方とも表示されるので、
PCエンジンROM2やメガCDは、chd変換。プレイステーションは、PBP変換して
単一ファイルにすると表示がすっきりするので良い。アーケード等は、ファイル名を
日本語に出来ないと思うので、日本語タイトルのディレクトリを作ってその下にオリジナル名の
zipファイルを置く。

Import contentで、Scan Directoryした後に表示される各機種毎のアイコンの下に
並ぶタイトル名とそれを実行した後にHistoryに表示される物は、どうにもならん。

retroarch\data\base\rdbの下に各機種毎のタイトル名とジャケット写真を収めた
データベースがあるから、これを日本語(UTF-8)にすれば多分表示出来ると思う。
確かめていないので、確実なところは言えないけれど。