FW入れ直しは無理だろうから本体初期化とメモカフォーマットが手っ取り早いんじゃない
HENkakuが書き換えてるものは再起動で元に戻る
VitaShellは設定ファイル別に保存してあるから上書きに見えるんじゃない
まあVitaShellはプラグイン何か使ってないけど
Vitaminならpluginフォルダ読み込むから消せばいい