APK改造の基本
DLLの改変
あったら便利なTool
7-zip(ファイルの抽出梱包)
APK-Multi-Tool(ファイルの抽出梱包)
ILSpy(dllファイルをC#のプログラムで覗ける)+Reflexilプラグイン(ILSpyでそのまま書き換えができるようになる)
Visual Studio(に付属されるilasmとildasm)(DLLファイルをilファイルに変換、またその逆の処理を行える)

改造の流れ(ilasmとildasmを使用した例)
7-zipもしくはAPK-Multi-Toolを使いDLLファイルを抽出(基本的にゲームで使われるファイルはAssembly-CSharp.dll)
ファイルを抽出したら開発者コマンドプロンプト(Visual Studioインストール時に一緒にインストールされる)を起動
ildasmと入力し実行(ildasmツールが起動される)
起動したツールのファイルを開くより抽出したDLLファイルを選択しダンプ(ildasm入力時DLLファイルを一緒にドロップしておくとファイルの選択まで行われる)
ダンプするとilファイルができるので中のコードを書き換える
書き換えが終わったら開発者コマンドプロンプトを起動
ilasm (ファイルをドロップ) /dll コマンドを実行(.resファイルが有る場合はこちらもドロップ)
改変されたDLLファイルが出来上がり
7-zipもしくはAPK-Multi-Toolを使いファイルをAPKファイルへと戻す

ここまでで署名なしのMODAPKが完成(root端末の場合このままでの使用も可能)
署名する場合はいろいろ方法があるがスマホアプリのzipsignerなどを使うのtが楽
署名していないファイルを選択しボタン1個押せだけで署名付きファイルへ変換してくれる