日本棋院のページをみると予選の抽選日が2015年12月28日となっているので
その時点で50歳になっていない依田九段は対象外だったと思われます

            【第6回 フマキラー囲碁マスターズカップ】
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│                             優勝                             │
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│  王      小      │      │      │      │      秀      小  │
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│王│片│小│羽│石│武│淡│林│大│工│王│小│趙│24│彦│小│
│  │岡│県│根│井│宮│路│海│竹│藤│  │林│治│世│坂│林│
│銘│  │真│泰│邦│正│修│峯│英│紀│立│光│勲│本│直│  │
│琬│聡│樹│正│生│樹│三│名│雄│夫│誠│一..| マス.|..因│人│覚│
│九│九│九│九│九│九│九│誉│名│九│九│名..|.ター..|..坊│九│九│
│段│段│段│段│段│段│段│天│誉│段│段│誉..|. ズ│秀│段│段│
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