会話:(人物Ａ,主人公)[[…現状<砦Ｂ>から<砦Ａ>へ攻めようとすると\n軍団が動けなくなるため\n他の砦をえらんで{くれ}]]
代入ａ:(1)

を

代入ｘ:(1)//この時点でイベントフラグを立ててもなぜか反映されない

に変更

海賊軍団編成:(主人公軍団,砦Ｂ,拠点攻撃,砦Ａ,無効,砦Ｂ,主人公,人物Ａ,人物Ｂ,人物Ｃ,人物Ｄ,ｃ,無効,ｆ,ｇ,ｈ,ａ,0)

の下に

条件ブロック:(ｘ){//右辺を省略すると!=(0)と同じ扱い
軍団指令:(主人公軍団,拠点移動,赤間関の町,無効)
更新:(イベントフラグ::行軍中に軍議−洲本から舞鶴へ)(1)//イベントフラグ成立・イベント発生済みは1に置き換え可
代入ｘ:(0)//後でまた簡易フラグとして使う可能性を考慮してリセット
}

を追加

以下のイベントを追加

イベント:舞鶴バグ対処{
属性:何度でも
発生契機:軍団移動終了時(無効,主人公,拠点移動,赤間関の町)
発生条件:{
調査:(イベントフラグ::行軍中に軍議−特殊軍団編成)
調査:(イベントフラグ::行軍中に軍議−洲本から舞鶴へ)
}
スクリプト:{//スクリプトの始まり
軍団指令:(主人公軍団,拠点攻撃,舞鶴砦,無効)
更新:(イベントフラグ::行軍中に軍議−洲本から舞鶴へ)(0)//イベントフラグ不成立・イベント未発生は0に置き換え可
}
}


一旦別の拠点に移動させて、移動終了時に改めて舞鶴攻撃に向かわせたら大丈夫だった。

それと、軍団種類のプロパティは機能していない(調べてみると実際の軍団種類にかかわらず常に0になってるっぽい)、
参照する際には勢力Ａに軍団の所属勢力を代入して、勢力タイプを調査したほうがいいよ。